Au XIIème siècle, une chapelle dédiée à Sainte-Marie-Madeleine est érigée au Nord de Lille sur la route menant à Gand. Détruite en 1708 au cours de l’un des sièges de Lille, elle donne son nom à la Ville.
En 1716 une nouvelle église est construite à la place, sensiblement à l’emplacement de l’Hôtel de Ville actuel. Elle est mise en vente pendant la Révolution et rachetée par un Lillois qui la détruit pour en revendre les matériaux.
Une autre église Sainte-Marie-Madeleine est alors construite en 1840 mais elle s’avère trop petite pour accueillir tous les fidèles. De plus, sa forme de rotonde ne permet pas son agrandissement. C’est pourquoi il a été décidé de construire l’édifice actuel, dont la première pierre a été posée le 22 juillet 1883, jour de la fête de Sainte-Marie-Madeleine, par Monseigneur Hasley.
La construction s’achève en 1885. Le terrain a été offert à la Ville par Madame Achille Wallaert-Crépy. La réalisation du bâtiment a été confiée à Louis Croïn, architecte de Tourcoing. L’inauguration donne lieu à une grande fête, les maisons et les rues étaient ornées d’oriflammes et de bannières. L’affluence était telle que le bâtiment n’a pas pu accueillir tous les visiteurs présents ce jour-là.
L’église a été bâtie dans un style romano-byzantin, plutôt rare à cette époque puisque les édifices étaient alors construits majoritairement dans le style néo-gothique.
La mosaïque au-dessus de l’entrée, réalisée par Alphonse-Amédée Cordonnier, artiste madeleinois, représente la Trinité. Les statues à l'entrée représentent Sainte-Marthe et Saint-Lazarre, frères et sœurs de Sainte-Marie-Madeleine. Les 12 statuettes en chêne qui se trouvent à proximité du chœur, représentant des évêques.
La cloche a été mise en place en 1886, elle porte l’inscription suivante : "Je sonne la prière, j’embellis les fêtes, je pleure les morts". En 1888, l’horloge à quatre cadrans en haut du clocher est installé. Son orgue a été inauguré en 1893 et a bénéficié d'une rénovation en 2002.
Au fond de l'église, se trouve une copie du tableau "Le Christ en croix", d'Antoine Van Dyck (1630), dont l’original est conservé au Palais des Beaux-Arts de Lille.
Des fresques murales, réalisées par Paul Pruvost ont été découverte en 2024 lors de la rénovation des peintures intérieures de l'église.
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